W dniu 12 marca 1945 roku odbyło się w Skier­nie­wi­cach posie­dze­nie Rady Wydziału Ogrod­ni­czego, na któ­rym pod­jęto decy­zje zmie­rza­jące do jego odtwo­rze­nia. Uro­czy­sta inau­gu­ra­cja roku aka­de­mic­kiego odbyła się w War­sza­wie 15 maja 1945 roku. W roku aka­de­mic­kim 1945/46 pracę na Wydziale roz­po­częto w 12 Zakła­dach (w nawia­sach podano nazwi­ska ich kie­row­ni­ków):

• Archi­tek­tury Kra­jo­brazu i Par­ko­znaw­stwa (prof. F. Krzywda-Pol­kow­ski);
• Fito­pa­to­lo­gii (prof. J. Koch­man);
• Fizjo­lo­gii Roślin (prof. M. Kor­czew­ski);
• Gene­tyki i Hodowli Roślin (prof. E. Mali­now­ski);
• Gle­bo­znaw­stwa (prof. A. Musie­ro­wicz);
• Kwia­ciar­stwa i Ogrod­nic­twa Miej­skiego (doc. St. Wóy­cicki);
• Mecha­ni­za­cji i Maszy­no­znaw­stwa Rol­ni­czego (prof. Cz. Kana­foj­ski);
• Psz­cze­lar­stwa (pod kura­telą Rek­tora prof. F. Staffa);
• Sadow­nic­twa (od maja 1946 – po powro­cie z USA – prof. Sz. A. Pie­nią­żek);
• Sta­ty­styki Mate­ma­tycz­nej (p. o. kie­row­nika inż. W. Pyt­kow­ski);
• Uprawy i Hodowli Warzyw (prof. E. Chro­bo­czek);
• Uprawy i Nawo­że­nia Roli (prof. F. Majew­ski).

Nie reak­ty­wo­wano ist­nie­ją­cych przed wojną: Zakładu Geogra­fii i Eko­lo­gii Roślin Upraw­nych (doc. Aniela Kozłow­ska zre­zy­gno­wała z pracy w SGGW) oraz Zakładu (Pra­cowni) Drze­wo­znaw­stwa (prof. R. Koben­dza objął obo­wiązki zastępcy pro­fe­sora na Wydziale Leśnym). W latach 50. i 60. nastę­po­wały wie­lo­krotne zmiany struk­tury Wydziału, nazw jed­no­stek i pro­gra­mów stu­diów. Two­rzono nowe insty­tuty, kate­dry i zakłady, część z nich prze­no­szono na inne wydziały SGGW, część tra­fiło z nich na Wydział Ogrod­ni­czy. Z dniem 1 wrze­śnia 1951 weszło w życie roz­po­rzą­dze­nie Mini­stra Szkół Wyż­szych i Nauki (Dzien­nik Ustaw PRL 61/51) wpro­wa­dza­jące w struk­tu­rze SGGW wiele zmian nie­ko­rzyst­nych dla Wydziału Ogrod­ni­czego. Poja­wiła się nazwa „kate­dra” oprócz dotych­czas uży­wa­nej nazwy „zakład”. Na Wydział Rol­ni­czy prze­nie­siono Kate­drę Och­rony Roślin (powstała z prze­kształ­ce­nia Kate­dry Fito­pa­to­lo­gii, po roku powró­ciła na Wydział Ogrod­ni­czy) oraz Kate­drę Uprawy i Nawo­że­nia Roli (rów­nież po roku powró­ciła na Wydział Ogrod­ni­czy, jako Zakład dzia­ła­jący w obrę­bie Kate­dry Warzyw­nic­twa). Bez­pow­rot­nie Wydział utra­cił Kate­dry: Fizjo­lo­gii Roślin, Gle­bo­znaw­stwa, Tech­no­lo­gii Żyw­no­ści i Sta­ty­styki Mate­ma­tycz­nej, które tra­fiły na inne wydziały SGGW. Pow­sta­ją­cemu w Skier­nie­wi­cach Insty­tu­towi Sadow­nic­twa Wydział musiał prze­ka­zać swoją bazę doświad­czalno-dydak­tyczną (Ogród Pomo­lo­giczny, część Pola Doświad­czal­nego) oraz duże gospo­dar­stwa sadow­ni­cze w Dąbro­wi­cach, Nowej Wsi i Sino­łęce prze­jęte w latach 1945-1948 przez SGGW w ramach reformy rol­nej. W 1950 r. Zakład Archi­tek­tury Kra­jo­brazu i Par­ko­znaw­stwa prze­kształ­cono w Kate­drę Kształ­to­wa­nia i Zdo­bie­nia Kra­jo­brazu, jej kie­row­ni­kiem został prof. Alfons Zie­lonko. W 1952 r. powstała na Wydziale, na trzech ostat­nich seme­strach kursu inży­nier­skiego, spe­cja­li­za­cja w zakre­sie kształ­to­wa­nia tere­nów zie­leni. W 1954 roku utwo­rzono na Wydziale Sek­cję Kształ­to­wa­nia Tere­nów Zie­leni (SKTZ) (Dzien­nik Urzę­dowy Mini­ster­stwa Szkół Wyż­szych i Nauki 13/54). W 1955 roku powstała w niej Kate­dra Urzą­dza­nia i Kon­ser­wa­cji Tere­nów Zie­lo­nych oraz Kate­dra Pro­jek­to­wa­nia Tere­nów Zie­leni (mgr Wła­dy­sław Nie­miec (Nie­mir­ski)). We wrze­śniu 1956 roku wła­dze prze­ka­zały SGGW teren i budynki po Ośrodku Kształ­ce­nia Kadr Rol­ni­czych na tere­nie Ursy­nowa (Roz­po­rzą­dze­nie nr 327 Pre­zesa Rady Mini­strów z 17.11.1956), a w 1957 roku uczel­nia prze­jęła klucz tzw. dóbr wila­now­skich (Wila­nów, Wolica, Nato­lin, Moczy­dło, Pow­sin, Ursy­nów i Obory), które prze­zna­czono na bazę doświad­czalną i dydak­tyczną m.in. dla Wydziału Ogrod­ni­czego. Już w tym roku nie­które kate­dry Wydziału prze­nio­sły się do Ursy­nowa. W roku 1958 na Wydział powró­ciła Kate­dra Uprawy i Nawo­że­nia Roli kie­ro­wana przez prof. Fran­ciszka Majew­skiego. W roku 1962 doc. Jan Boczek objął kie­row­nic­two Zakładu Ento­mo­lo­gii Sto­so­wa­nej. Wkrótce potem Kate­dra Och­rony Roślin została podzie­lona na dwie: Kate­drę Fito­pa­to­lo­gii i Ento­mo­lo­gii Sto­so­wa­nej. Rok póź­niej Kate­dra Warzyw­nic­twa została prze­nie­siona ze Skier­nie­wic do Ursy­nowa, po utwo­rze­niu ze skier­nie­wickiego Zakładu Warzyw­nic­twa – Insty­tutu Warzyw­nic­twa. W 1970 roku wła­dze pań­stwowe prze­pro­wa­dziły zakro­joną na sze­roką skalę reor­ga­ni­za­cję uczelni. Zli­kwi­do­wano kate­dry łącząc je w więk­sze jed­nostki – insty­tuty. Na Wydziale Ogrod­ni­czym powo­łano trzy takie jed­nostki. W skład Insty­tutu Pro­duk­cji Ogrod­ni­czej weszły dotych­czasowe Kate­dry Roślin Ozdob­nych, Sadow­nic­twa, Warzyw­nic­twa, Uprawy i Nawo­że­nia Roli oraz Roślin Lecz­ni­czych i Spe­cjal­nych. Dyrek­to­rem Insty­tutu został prof. Alek­san­der Rej­man, któ­rego póź­niej zastą­pił prof. Hen­ryk Chmiel. Kate­dry Fito­pa­to­lo­gii i Ento­mo­lo­gii Sto­so­wa­nej zostały połą­czone w Insty­tut Och­rony Roślin, kie­ro­wany przez prof. Jana Boczka. Kilka lat póź­niej Insty­tut Och­rony Roślin został wyłą­czony z Wydziału i uzy­skał rangę insty­tutu mię­dzy­wy­dzia­ło­wego. Obie kate­dry two­rzące SKTZ połą­czono w Insty­tut Kształ­to­wa­nia Tere­nów Zie­leni i Och­rony Przy­rody (IKTZiOP). Funk­cję jego dyrek­tora objął prof. Alfons Zie­lonko, a po jego przej­ściu na eme­ry­turę – prof. Wła­dy­sław Nie­mir­ski, i następ­nie doc. Edward Bart­man. W 1973 roku IKTZiOP został podzie­lony na dwa insty­tuty: Kształ­to­wa­nia Tere­nów Zie­leni (dyrek­tor prof. A. Zie­lonko) oraz Och­rony Śro­do­wi­ska (dyrek­tor doc. H. Zimny). Kate­dra Gene­tyki została połą­czona z ana­lo­giczną kate­drą Wydziału Rol­ni­czego i utwo­rzono z nich Mię­dzy­wy­dzia­łowy Insty­tut Gene­tyki i Hodowli Roślin (IGiHR). Dyrek­to­rem tej jed­nostki został prof. Sta­ni­sław Sta­rzycki, po któ­rym wkrótce funk­cję tę objął prof. Wła­dy­sław Byszew­ski a następ­nie prof. Bogu­sław Kubicki. W 1972 roku Rada Wydziału powo­łała we wszyst­kich trzech Insty­tutach zespoły badaw­cze, któ­rych nazwy odpo­wia­dały nazwom daw­nych Katedr, a ich kie­row­nikami zostali dotych­czasowi kie­row­nicy tych Katedr. Jedy­nie w IKTZiOP poja­wił się nowy zespół – Zespół Eko­lo­gii i Och­rony Śro­do­wi­ska kie­ro­wany przez doc. Hen­ryka Zim­nego. W 1971 roku pod­jęto pierw­sze dzia­ła­nia zmie­rza­jące do budowy dużego kom­pleksu szklar­nio­wego oraz nowego budynku dla Wydziału (obecny budy­nek 35). Nowe szklar­nie oddane zostały do użytku w 1981 roku. W marcu 1974 roku otwarta została Biblio­teka Wydziału Ogrod­ni­czego. W 1975 roku z ini­cja­tywy prof. A. Rej­mana w Bło­niu k. Praż­mowa zało­żono pole doświad­czalne prze­zna­czone do badań nad uprawą borówki wyso­kiej w Pol­sce (kie­row­nik dr Kazi­mierz Pliszka). W 1976 r. powstało Pole Doświad­czalne Wydziału w Wila­no­wie kie­ro­wane przez dr Bole­sława Czar­nec­kiego. W 1976 roku w Insty­tu­cie Och­rony Roślin utwo­rzono Zakład Fito­pa­to­lo­gii (prof. Z. Borecki) oraz Zakład Ento­mo­lo­gii Sto­so­wa­nej (prof. J. Boczek), zaś w IGiHR powstały 3 Zakłady, w tym Zakład Gene­tyki i Hodowli Roślin Ogrod­ni­czych (prof. B. Kubicki). W kolej­nych latach z Wydziału Eko­no­miczno-Rol­ni­czego prze­nie­siono na Wydział Ogrod­ni­czy Zakład Orga­ni­za­cji i Eko­no­miki Ogrod­nic­twa (prof. N. Kru­sze), sca­lono Insty­tuty Kształ­to­wa­nia Tere­nów Zie­leni i Och­rony Śro­do­wi­ska, a Insty­tut Och­rony Roślin prze­kształ­cono w jed­nostkę mię­dzy­wy­dzia­łową. Na mocy Ustawy o szkol­nic­twie wyż­szym z 1982 roku roz­wią­zano insty­tuty powra­ca­jąc do katedr, jako pod­sta­wo­wych jed­no­stek orga­ni­za­cyj­nych wydzia­łów. Usta­lona wów­czas struk­tura orga­ni­za­cyjna Wydziału Ogrod­ni­czego zacho­wała się z nie­wiel­kimi zmia­nami do dziś. Powo­łano wów­czas Kate­dry (w nawia­sach podano nazwi­ska ich kie­row­ni­ków):

• Ento­mo­lo­gii Sto­so­wa­nej (prof. J. Boczek);
• Fito­pa­to­lo­gii (prof. Z. Borecki);
• Gene­tyki i Hodowli Roślin Ogrod­ni­czych (prof. B. Kubicki);
• Och­rony Śro­do­wi­ska (prof. H. Zimny);
• Orga­ni­za­cji i Eko­no­miki Ogrod­nic­twa (prof. N. Kru­sze);
• Pro­jek­to­wa­nia w Archi­tek­tu­rze Kra­jo­brazu (prof. W. Nie­mir­ski, a po nim prof. E. Bart­man);
• Roślin Ozdob­nych (prof. H. Chmiel) z Zakła­dem Den­dro­lo­gii i Zakła­dem Roślin Ozdob­nych;
• Sadow­nic­twa (prof. A. Rej­man);
• Uprawy Roli i Nawo­że­nia Roślin Ogrod­ni­czych (prof. J. R. Starck);
• Urzą­dza­nia i Pie­lę­gno­wa­nia Kra­jo­brazu (prof. T. Szczę­sny, a po nim prof. L. Maj­decki);
• Warzyw­nic­twa i Roślin Lecz­ni­czych (prof. H. Skąp­ski) z Zakła­dem Roślin Lecz­ni­czych i Spe­cjal­nych oraz Zakła­dem Warzyw­nic­twa.